Kurokami: The Animation conta a história de Ibuki Keita, um estudante de 19 anos que cresceu com sua colega, Sano Akane, pois sua mãe morreu em um acidente. Em uma certa noite, Keita foi comer ramem fora de casa, e nisso, ele encontra uma garota que aparentemente era uma moradora de rua junto com um cachorro, Keita então resolve pagar uma porção de ramem para a garota, que diz se chamar Kuro e o cachorro que a acompanha se chama Puni-Puni . Quando Kuro começa a comer, recebe uma forte pancada na cabeça de um homem desconhecido, armado com um taco de baseball. Keita e o velho da tenda de ramem se assustam com isso e pensam que a garota está morta, mas ela acabada se levantando e luta contra esse desconhecido. Após vencer a batalha, Keita pergunta o que a jovem pensa em fazer depois disso, e a unica coisa que ela diz é "Vou matar o meu irmão" e segue seu caminho. Depois de alguns dias, ao entrar em casa, Keita se depara com Kuro comendo um repolho que estava em sua geladeira, ele diz que não quer nada com ela por ela trazer muitos problemas. Ela vai embora e se desculpa por ter sido tão imprudente. Ao conversar com Akane, ele procura Kuro e a chama para morar com ele, porem ela é atacada novamente e no meio da batalha, Keita é atingido, no momento de desespero, Kuro troca seu coração pelo de Keita para que ele possa voltar a vida, fazendo isso, Kuro torna Keita seu contratado. Depois ela explica para o jovem que não é uma humana, e sim uma mototsumitama e que ambos estão ligados pelo Tera (algo que em outros animes são chamados de cosmo, ki, chakra). Com esse com um contratado um mototsumitama poder usar seu Exeed, que seria um poder oculto liberado pelo contrato. Kuro volta para casa de Keita e ele diz que não a quer por perto, e ela explica que ela não pode ficar longe dele, caso contrario, seu coração vai parar. Mesmo contra a sua vontade Keita aceita Kuro em sua casa e com o tempo vai criando um laço muito forte com a garota.
Kurokami: The Animation é composto por 23 episódios, e todos foram lançados pela Sunrise. No geral, é um anime bom pra quem gosta de ver porrada com uma frequência razoável. Ele lembra um pouco a história de Naruto (Sasuke e Itachi), o único objetivo de Kuro é matar seu irmão Reishin, por ele ter matado sua mãe e fugido da Terra Sagrada.